La presencia humana en esta villa se remonta al Paleolítico Inferior; contando con algunos poblados del calcolítico diseminados, junto a los cuales se encuentran sepulturas megalíticas, siendo éstas muy numerosas.

Los asentamientos calcolíticos en la zona, se deben fundamentalmente a la existencia de unidades topográficas de grandes posibilidades defensivas, pudiéndose destacar también la influencia de la disponibilidad de recursos hídricos, la existencia de tierras aptas para los cultivos y la abundancia de recursos mineros y metalúrgicos.

Al oeste de Fuente Obejuna, se localiza un poblado calcolítico que escapa de la tónica general dominante para los asentamientos de este periodo en el Valle del Guadiato: se ubica en una zona llana y con un alto potencial agrícola, junto al río Guadiato, a escasa distancia de su nacimiento y de varios sepulcros megalíticos.

Del conjunto dolménico relacionado con este poblado destaca el denominado El Dorado, que en la actualidad es el que presenta mejor estado de conservación de los allí localizados. Su estructura consta de corredor y cámara formada por grandes ortostatos. El corredor, que conserva parte de la cubierta adintelada, se compone de lajas de menor tamaño que las de la cámara. Especial interés tiene, en relación con el ritual funerario, el hallazgo en el interior de un vaso globular de cenizas y restos óseos quemados pertenecientes a la mandíbula de un individuo joven, con dentición normal, poco desgastada, que murió entre los trece y los quince años de edad.

Otro de estos sepulcros es el denominado Los Delgados II que como el anterior, tampoco presenta mal estado de conservación. Se trata de un tholos con corredor y con camarilla de mampostería de lajas también de granito, cerrada por falsa cúpula.

En el término de Fuente Obejuna destacan además el Cerro de los Castillejos, el Cerro de Las Piedras, la Calaveruela, los dólmenes de Los Delgados y los dólmenes de Los Gallegos, la Horma y la Serrezuela.