Esta Ermita, dedicada antiguamente a Nuestra Señora del Amparo, albergaba en su entorno en el siglo XVIII dos amplias enfermerías destinadas a pobres enfermos y desvalidos. A principios del siglo XX parte de esta ermita sufrió un proceso de deterioro que hasta actualmente no ha sido restaurado.

La iglesia es de una sola nave presentando dos etapas constructivas, que afectaron a la capilla mayor y al resto de la ermita. La capilla mayor de planta cuadrada presenta un arco toral y dos arcos ciegos en las paredes laterales reflejando un estilo gótico, de igual forma que sus ventanas en forma ojival que existieron en la parte alta de la capilla. Esta pequeña capilla queda cubierta por una cúpula de carácter mudéjar que descansa sobre un octógono con trompas en los ángulos. Esta parte pertenece al siglo XV o comienzos del siglo XVI. 

El cuerpo de la iglesia parece haber sufrido una reforma, en la que se revistieron los muros y se cubrió con una bóveda de yeso. Antiguamente debió tratarse de una de las enfermerías existentes, la capilla actual sería la antigua capilla del hospital con sus dos arcos torales para que, desde un lado y otro, pudieran oír misa al tiempo que pudieran cuidar a los enfermos.

En la capilla mayor hay un retablo de madera tallada de la segunda mitad del siglo XVIII que cobija la imagen del Cristo de la Misericordia, imagen realizada por la escuela de Martínez Montañés. Esta imagen ha sido restaurada recientemente por Miguel Arjona. Según cuenta la leyenda, este Cristo fue encargado para la iglesia de Zalamea a un taller cordobés, y al pasar por la ermita de la Caridad, los bueyes que tiraban de la carreta resistieron a seguir, interpretándose este hecho como un designio divino porque el crucificado estaba destinado a esta ermita.

Existen óleos fechados principalmente en el siglo XVIII, que siguen el estilo de Ayala.